A endometriose intestinal pode ser difícil de ser diagnosticada e os sintomas muitas vezes são confundidos com os da síndrome do intestino irritável (SII). O diagnóstico diferencial é o que ajudará a dizer se a dor e os incômodos são causados pela endometriose, por outra patologia intestinal ou, em alguns casos, alguma patologia urinária.
Mas além de ser confundida, ela pode estar associada à síndrome do intestino irritável. Uma pesquisa realizada pelo Grupo de Apoio às Portadoras de Endometriose e Infertilidade (Gapendi) mostrou que 38% das entrevistadas citaram que foram diagnosticadas também com SII.
As prevalências são parecidas: a endometriose atinge cerca de 10% a 15% das mulheres em idade fértil e a síndrome do intestino irritável, de 9% a 12,8%.